پولیس اخلاق طالبان آیت‌الله حسین‌داد شریفی را به دلیل انجام یک عمل دینی که در فقه جعفری پذیرفته شده، بازداشت و مورد ضرب‌وشتم قرار داده است؛ اقدامی که به گفته منتقدان، نشانه‌ای از عدم تحمل مذهبی نسبت به شیعیان است
طالبان از برخی علمای شیعه تعهد کتبی گرفته‌اند که دیگر مراسم ازدواج موقت را برگزار نکنند و در صورت تخلف، تا شش ماه زندان در نظر گرفته شده است؛ اقدامی که به عنوان فشار سیستماتیک بر هویت مذهبی شیعه تعبیر می‌شود
این موضوع صرفاً اجرای قانون نیست، بلکه نوعی سیاست سخت‌گیرانه ایدئولوژیک است که در آن تنوع مذهبی محدود و یک قرائت خاص بر جامعه تحمیل می‌شود
وزارت امر بالمعروف و نهی عن المنکر طالبان به یک ساختار اجرایی ایدئولوژیک تبدیل شده که بر باورها، مراسم دینی، و زندگی خصوصی مردم نظارت سخت‌گیرانه اعمال می‌کند
محمد محقق هشدار داده است که فشار بر هزاره‌ها و شیعیان می‌تواند به گسترش شکاف‌های مذهبی در افغانستان منجر شود
به گفته منتقدان، در سال‌های اخیر شماری از علمای شیعه هدف حملات و ترور قرار گرفته‌اند که نگرانی‌ها درباره امنیت این جامعه را افزایش داده است
طالبان با وجود ادعای «وحدت اسلامی»، در عمل با محدود کردن فعالیت‌های مذهبی شیعه، شکاف‌های فرقه‌ای را عمیق‌تر می‌سازند
این روند به گفته تحلیلگران، بخشی از تلاش برای همگون‌سازی مذهبی و سیاسی در افغانستان است
طالبان در سطح بین‌المللی خود را «میانه‌رو» معرفی می‌کنند، اما در داخل کشور با فشار و محدودیت بر اقلیت‌ها روبه‌رو هستند
در نتیجه، به جای ایجاد وحدت ملی، این سیاست‌ها می‌تواند باعث افزایش تنش‌های اجتماعی و مذهبی در افغانستان شود