طبق گزارش کمیسیون، پس از به قدرت رسیدن طالبان، محدودیت‌های متعددی بر آموزش، اشتغال و مشارکت زنان در زندگی عمومی اعمال شد که باعث شده وضعیت حقوق بشر در افغانستان به طور مداوم مورد نگرانی بین‌المللی قرار گیرد.
در گزارش سالانه، به ۱۸ کشور توصیه شده است که به‌عنوان کشورهای دارای نگرانی ویژه در زمینه آزادی مذهبی معرفی شوند که در این فهرست افغانستان، هند و پاکستان نیز حضور دارند. به گفته کمیسیون، در این کشورها حکومت‌ها یا در نقض جدی آزادی مذهبی دخیل هستند یا اقداماتی را تحمل می‌کنند که به آزادی مذهبی و حق اعتقاد آسیب می‌رساند.
در این گزارش، افغانستان به دلیل وضعیت حقوق زنان و برخی اقدامات طالبان مورد انتقاد قرار گرفته است. کمیسیون تأکید کرده که پس از به قدرت رسیدن طالبان، محدودیت‌های متعددی بر آموزش، اشتغال و مشارکت زنان در زندگی عمومی اعمال شده است و همین امر باعث نگرانی مداوم بین‌المللی درباره وضعیت حقوق بشر در این کشور شده است. علاوه بر این، گزارش بر ضرورت اتخاذ اقدامات بیشتر برای حفاظت از اقلیت‌های مذهبی و آزادی‌های اساسی در افغانستان تأکید دارد.
در مورد هند، کمیسیون اظهار داشته که در سال‌های اخیر نگرانی‌ها درباره آزادی مذهبی و حقوق اقلیت‌ها افزایش یافته است. در برخی ایالت‌ها قوانین تغییر مذهب سخت‌تر شده و همچنین گزارش‌هایی از خشونت و حملات گروهی علیه اقلیت‌ها ارائه شده است. کمیسیون همچنین نقش سازمان هندو ملی‌گرا RSS و سرویس‌های اطلاعاتی خارجی هند را مورد بررسی قرار داده و توصیه کرده است که محدودیت‌ها و اقدامات هدفمند علیه آنان بررسی شود. علاوه بر این، آمریکا تشویق شده است که روابط تجاری و فروش اسلحه به هند را با بهبود وضعیت آزادی مذهبی مشروط کند.
در مورد پاکستان، گزارش به قوانین توهین به مقدسات، حفاظت از اقلیت‌ها و بازگشت مهاجران افغان اشاره کرده است. با این حال، مقامات پاکستانی تأکید کرده‌اند که قانون اساسی کشور تمام شهروندان را از آزادی مذهبی و حقوق اساسی برخوردار می‌کند و برای حفاظت از اقلیت‌ها اقدامات قانونی و اداری متعددی انجام شده است. قوانین توهین به مقدسات با هدف حفظ هماهنگی مذهبی و صلح اجتماعی وضع شده و سوء استفاده از آن تحت نظارت قضایی و روش‌های قانونی کنترل می‌شود.
در مورد بازگشت مهاجران افغان، پاکستان تأکید کرده که طی چهار دهه گذشته میزبان میلیون‌ها مهاجر افغان بوده است. بر اساس برآوردهای رسمی، حدود سه میلیون افغان در پاکستان زندگی می‌کنند، شامل مهاجران ثبت شده و تعداد زیادی از افراد غیرقانونی. مقامات می‌گویند که بازگشت غیرقانونی مهاجران حق قانونی هر کشور مستقل است و بسیاری از کشورهای جهان، از جمله آمریکا و کشورهای اروپایی، چنین سیاست‌هایی دارند.
تحلیل‌گران معتقدند که پاکستان طی دهه‌ها نقش مهمی در میزبانی از مهاجران افغان ایفا کرده و بسیاری از سازمان‌های بین‌المللی از جمله سازمان ملل متحد این تلاش‌ها را به رسمیت شناخته‌اند. منابع رسمی تأکید کرده‌اند که روند بازگشت مهاجران به‌صورت گام به گام و بر اساس اصول انسانی انجام می‌شود و شامل همکاری با سازمان‌های بین‌المللی نیز می‌شود.
تحلیل‌گران همچنین می‌گویند که گزارش‌های کمیسیون آمریکایی عمدتاً شامل توصیه‌ها است و تصمیم نهایی درباره اینکه یک کشور به طور رسمی در فهرست کشورهای دارای نگرانی ویژه قرار گیرد، توسط وزارت خارجه آمریکا گرفته می‌شود. عوامل دیپلماتیک، سیاسی و استراتژیک نیز در این تصمیم‌گیری نقش دارند، بنابراین در گذشته نیز برخی کشورها با وجود توصیه کمیسیون، تصمیمات متفاوتی توسط دولت آمریکا گرفته شده است.