پاکستان گزارش اخیر ارائه‌شده به کمیته منع شکنجه سازمان ملل را خلاف واقعیت و یک‌جانبه خوانده و به‌طور کامل رد کرده است. مقام‌های دولتی با قاطعیت اعلام کرده‌اند که تصمیم برای بازگرداندن اتباع خارجیِ مقیم غیرقانونی، نه بر اساس تبعیض، بلکه در چارچوب حفظ بقای دولت، امنیت ملی و در واکنش به موج اخیر تروریسم اتخاذ شده است.
در اعلامیه رسمی یادآوری شده که پاکستان طی ۴۰ سال گذشته میزبان بیش از سه میلیون مهاجر افغان بوده و حقوقی در زمینه صحت، آموزش و اشتغال برای آنان فراهم کرده که به گفته مقام‌ها، کمتر کشوری در جهان برای مهاجران فراهم کرده است. با این حال، وخامت اوضاع امنیتی در سال‌های اخیر، پاکستان را وادار ساخته تا در پرتو قوانین بین‌المللی تصمیم‌گیری کند.
پاکستان همچنین توجه جامعه جهانی را به افزایش ناامنی و حملات تروریستی در ایالت خیبرپختونخوا جلب کرده و تصریح نموده است که ردپای حملات اخیر، از جمله حمله بنو، مستقیماً به خاک افغانستان می‌رسد.
براساس تحقیقات نهادهای امنیتی، عناصری که از پناهگاههای امن آن‌سوی مرز فعالیت می‌کنند، شهروندان غیرنظامی و نیروهای امنیتی پاکستان را هدف قرار می‌دهند و شواهدی نیز از همکاری برخی افراد مقیم غیرقانونی با این گروه‌ها به‌دست آمده است.
مقام‌های پاکستانی با زیر سؤال بردن اعتبار این گزارش گفته‌اند که متهم‌کردن کشوری بزرگ مانند پاکستان به بدرفتاری سازمان‌یافته، تنها بر اساس نظرسنجی محدود از ۴۱ نفر، اقدامی مغرضانه است. پاکستان تأکید کرده که در مراکز بازگشت، حقوق بشر به‌طور کامل رعایت می‌شود، اما حفاظت از سرزمین کشور در برابر تروریسم، نخستین مسئولیت دولت است.
پاکستان همچنین از نهادهای بین‌المللی خواسته است که به‌جای انتشار گزارش‌های یک‌جانبه، بر حکومت سرپرست افغانستان فشار وارد کنند تا مانع استفاده از خاک این کشور علیه پاکستان شود و زمینه مناسب برای بازگشت مهاجران را فراهم سازد.