پاکستان گزارش‌های هیئت معاونت سازمان ملل متحد در افغانستان (یوناما) دربارهٔ مبارزه با تروریزم را یک‌جانبه و تحریف‌شده خوانده و به‌طور کامل رد کرده است. سفارت پاکستان در کابل اعلام کرده که این گزارش با واقعیت‌های میدانی همخوانی ندارد و بدون بررسی مستقل، روایت حکومت طالبان را بازتاب داده است.
به گفتهٔ مقام‌های پاکستانی، تحریک طالبان پاکستان (تی‌تی‌پی) و گروه موسوم به ارتش آزادی‌بخش بلوچستان (BLA) با حمایت حکومت طالبان از خاک افغانستان علیه پاکستان فعالیت می‌کنند. این مقام‌ها ادعا کرده‌اند که طالبان برای این گروه‌ها پناهگاه، حمایت مالی، زمینهٔ جذب نیرو و امکانات برنامه‌ریزی حملات فرامرزی فراهم می‌کنند. بر اساس این ادعا، در نتیجهٔ این فعالیت‌ها، بیش از ۹۰۰ شهروند و نیروی امنیتی پاکستان کشته و بیش از ۱۵۰۰ نفر دیگر در خیبرپختونخوا و بلوچستان زخمی شده‌اند.
پاکستان همچنین اعلام کرده است که در پاسخ به حملات انجام‌شده از خاک افغانستان، به‌ویژه رویدادهای ماه‌های می و جون ۲۰۲۶ در پشاور، وزیرستان شمالی و بنو، عملیات محدودی را تحت عنوان «غضب‌للحق» انجام داده است. به گفتهٔ اسلام‌آباد، این اقدامات بر پایهٔ حق دفاع مشروع و مطابق با قوانین بین‌المللی صورت گرفته است. پاکستان مدعی است که در این عملیات، بر اساس اطلاعات استخباراتی، مخفیگاه‌های فرماندهان تی‌تی‌پی، از جمله علیم‌خان خوشالی و اختر محمد جنی‌خیل، و نیز پناهگاه‌های جماعت‌الاحرار هدف قرار گرفته و بیش از ۵۰ عضو این گروه‌ها کشته شده‌اند.
اسلام‌آباد همچنین به حملهٔ ۲۷ جون ۲۰۲۶ در کراچی اشاره کرده و مدعی شده است که بر اساس نتایج تحقیقات، سه تن از چهار مهاجم شهروند افغانستان بوده‌اند و این حمله در خاک افغانستان طراحی شده بود؛ حمله‌ای که به کشته شدن سه نظامی پاکستانی انجامید. پاکستان تأکید کرده است که تمامی عملیات نظامی خود را مطابق با اصول حقوق بین‌الملل، تناسب و جلوگیری از آسیب به غیرنظامیان انجام داده و تنها مراکز تأییدشدهٔ گروه‌های مسلح را هدف قرار داده است.
در پایان، پاکستان اعلام کرده است که بارها نگرانی‌های امنیتی خود و ضرورت از میان برداشتن زیرساخت‌های گروه‌های مسلح را با طالبان در میان گذاشته، اما به گفتهٔ اسلام‌آباد، اقدام مؤثری از سوی طالبان انجام نشده است. پاکستان از طالبان خواسته است به‌عنوان یک عضو مسئول جامعهٔ جهانی، از حمایت گروه‌های مسلح دست بردارد و تأکید کرده است که حق دفاع از حاکمیت، تمامیت ارضی و امنیت شهروندان خود را محفوظ می‌داند.